Τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών που λειτουργούν στα πλαίσια της Σχολής συγκεντρώνουν κάθε χρόνο μεγάλο αριθμό υποψηφιοτήτων.

Στα πλαίσια των Τομέων λειτουργούν εδώ και πολλά χρόνια απαιτητικοί κύκλοι Προδιδακτορικών Σπουδών.

Ο Τομέας Μαθηματικών συντονίζει τα Διατμηματικά Προγράμματα «Εφαρμοσμένες Μαθηματικές Επιστήμες» στο οποίο συνεργάζονται οι Σχολές: Μηχανολόγων Μηχανικών, Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών Ε.Μ.Π. και «Μαθηματική Προτυποποίηση σε Σύγχρονες Τεχνολογίες και τη Χρηματοοικονομική» στο οποίο συνεργάζονται οι Σχολές Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Χημικών Μηχανικών και Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών Ε.Μ.Π..

Ο Τομέας Φυσικής έχει το συντονισμό των εξής δύο Μεταπτυχιακών Προγραμμάτων «Φυσική και Τεχνολογικές Εφαρμογές» όπου συνεργάζονται η Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών Ε.Μ.Π. και το Ε.Κ.Ε.Φ.Ε. Δημόκριτος, και «Μικροσυστήματα και Νανοδιατάξεις» όπου συνεργάζονται οι Σχολές Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών, Μηχανολόγων Μηχανικών, Χημικών Μηχανικών Ε.Μ.Π., Μεταλλειολόγων - Μεταλλουργών Μηχανικών Ναυπηγών Ε.Μ.Π., το Ε.Κ.Ε.Φ.Ε. Δημόκριτος, το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών και Ινστιτούτο Έρευνας και Τεχνολογίας (Κρήτη)..

Ο Τομέας Μηχανικής συντονίζει το Πρόγραμμα «Εφαρμοσμένη Μηχανική» όπου συνεργάζονται οι Σχολές Πολιτικών Μηχανικών, Μηχανολόγων Μηχανικών και Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών Ε.Μ.Π..

Ο Τομέας Α.Κ.Ε.Δ. συνδιοργανώνει με το Τμήμα Μ.Ι.Θ.Ε. του Ε.Κ.Π.Α. το Διαπανεπιστημιακό Πρόγραμμα «Φιλοσοφία των Επιστημών και της Τεχνολογίας».

Η Σ.Ε.Μ.Φ.Ε. συνεργάζεται επίσης με τα εξής Μεταπτυχιακά Προγράμματα:

Ο Τομέας Μαθηματικών με τα Προγράμματα:

• «Επιστήμη και Τεχνολογία Υδατικών Πόρων» (συντονίζει η Σχολή Πολιτικών Μηχανικών Ε.Μ.Π.), «Ναυτική και Θαλάσσια Τεχνολογία και Επιστήμη» (συντονίζει η Σχολή Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών Ε.Μ.Π.),
• «Λογική και τη Θεωρία Αλγορίθμων» (συντονίζει το Μαθηματικό Τμήμα του Ε.Κ.Π.Α.).

Ο Τομέας Φυσικής με τα Προγράμματα:

• «Επιστήμη και Τεχνολογία Υλικών» (συντονίζει η Σχολή Χημικών Μηχανικών Ε.Μ.Π.),
• «Ιατρική Φυσική - Ακτινοφυσική» (συντονίζει η Σχολή Ιατρική του Ε.Κ.Π.Α.).

Ο Τομέας Μηχανικής συμμετέχει στα Προγράμματα:

• «Δομοστατικός Σχεδιασμός και Ανάλυση Κατασκευών» (συντονίζει η Σχολή Πολιτικών Μηχανικών Ε.Μ.Π.),
• «Υπολογιστική Μηχανική» (συντονίζει η Σχολή Χημικών Μηχανικών Ε.Μ.Π.),
• «Επιστήμη και Τεχνολογία Υλικών» (συντονίζει η Σχολή Χημικών Μηχανικών Ε.Μ.Π.),
• «Συστήματα Αυτοματισμού» (συντονίζει η Σχολή Μηχανολόγων Μηχανικών Ε.Μ.Π.),
• «Συντήρηση Μνημείων» (συντονίζει η Σχολή Χημικών Μηχανικών Ε.Μ.Π.).

Ο Τομέας Α.Κ.Ε.Δ. συμμετέχει στα Προγράμματα:

• «Αρχιτεκτονική - Σχεδιασμός του Χώρου (συντονίζει η Σχολή Αρχιτεκτόνων Μηχανικών Ε.Μ.Π.), «Προστασία των Μνημείων» (συντονίζει η Σχολή Αρχιτεκτόνων Μηχανικών Ε.Μ.Π.).

Από τις 23/02/2019, με απόφαση της Αντιπροσωπείας του Τεχνικού Επιμελητηρίου Ελλάδας (ΤΕΕ), οι διπλωματούχοι της ΣΕΜΦΕ, απέκτησαν το δικαίωμα να εγγράφονται ως μέλη στο Τεχνικό Επιμελητήριο της Ελλάδας.

Στη συνέχεια, στη συνεδρίαση της Αντιπροσωπείας του ΤΕΕ στις 5/10/2019, αποφασίστηκε, με μεγάλη πλειοψηφία, η προσωρινή ένταξη των Διπλωματούχων της ΣΕΜΦΕ στην κύρια ειδικότητα του Ηλεκτρολόγου Μηχανικού, με ρητή  αναφορά της Αντιπροσωπείας, ότι σε 12 μήνες το αργότερο, ή με την συμπλήρωση της εγγραφής στο ΤΕΕ 100 τουλάχιστον Διπλωματούχων της ΣΕΜΦΕ (οποιοσδήποτε όρος ικανοποιηθεί πρώτος), θα ενεργοποιηθούν από το ΤΕΕ οι διαδικασίες για την ίδρυση νέας κύριας ειδικότητας που θα αφορά τους Διπλωματούχους της Σχολής ΕΜΦΕ.

Ήδη, οι απόφοιτοι της ΣΕΜΦΕ εγγράφονται στο ΤΕΕ με τον τίτλο του «Μηχανικού των Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών».

Μετά την εξέλιξη αυτή, αναμένεται η εκκίνηση των διαδικασιών, με ευθύνη του ΤΕΕ και του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Χωροταξίας και Δημοσίων Έργων, για την έκδοση Προεδρικού Διατάγματος Επαγγελματικών Δικαιωμάτων των «Μηχανικών Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών». Σε αυτή τη διαδικασία, η Σχολή είναι έτοιμη να συμβάλει, στο βαθμό που της αναλογεί, με τεκμηριωμένες προτάσεις για συγκεκριμένες επαγγελματικές δραστηριότητες, που υποστηρίζονται από το προπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών της Σχολής.

Η εξέλιξη αυτή, επιστέγασμα υπερδεκαετούς προσπάθειας όλων των συνιστωσών της Ακαδημαϊκής κοινότητας του ΕΜΠ, σε συνδυασμό με:
• Το Προεδρικό Διάταγμα περί της «Επαγγελματικής κατοχύρωσης των διπλωματούχων της Σχολής Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου» (ΠΔ 199 (ΦΕΚ Τεύχος πρώτο, Αρ. Φύλλου 226, 14 Σεπτεμβρίου 2007)
• Την τροποποίηση του Νόμου υπ’ αριθμ. 1566/1985, ΦΕΚ 167/Α, όπως υλοποιήθηκε με τα άρθρα 1 και 2 του Ν. 3687/2008 (ΦΕΚ 159/Α/1-8-08) για τη “Δομή και λειτουργία της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης και
άλλες διατάξεις”, και την τροποποίηση της υπουργικής απόφασης για τον «Καθορισμό προσόντων για την επαγγελματική απασχόληση των Φυσικών Νοσοκομείων» (ΦΕΚ 280/τ.Β΄/26.5.1983), ώστε να συμπεριλαμβάνονται απόφοιτοι της ΣΕΜΦΕ, με την νέα ΥΑ (ΦΕΚ 532 B΄/23.3.2009) για τη συμμετοχή στις εξετάσεις για άσκηση επαγγέλματος Φυσικού Νοσοκομείων,

προσφέρει στους αποφοίτους της ΣΕΜΦΕ μια ευρεία δέσμη επιλογών ως προς τη θεσμικά κατοχυρωμένη επαγγελματική τους δραστηριοποίηση.